Sistem pemerintahan di Indonesia berdasarkan UUD 1945 dibagi menjadi tiga badan yang masing-masing memegang kekuasaan dan fungsinya. Ketiga badan ini berfungsi untuk menjalankan, mengawasi dan mempertahankan undang-undang yang ada di pelbagai bidang. Menurut UUD 1945, tiga badan tersebut adalah lembaga eksekutif, legislatif, dan yudikatif.
1. Lembaga Eksekutif
Lembaga eksekutif bertugas mengimplementasikan dan menjalankan undang-undang yang telah disahkan oleh lembaga legislatif. Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) mengatur dan membuat undang-undang, sementara menjadi tugas eksekutif untuk melaksanakannya dalam praktik keseharian. Presiden sebagai kepala pemerintahan dan negara berada di puncak lembaga eksekutif disamping memegang peranan utama dalam proses pengambilan kebijakan.
2. Lembaga Legislatif
Lembaga legislatif di Indonesia terdiri atas DPR, DPD, dan MPR. DPR sebagai bagian dari lembaga legislatif berperan penting dalam pengawasan pelaksanaan undang-undang yang berlaku. Mereka berhak untuk melakukan interpelasi, angket, dan menyatakan pendapat tentang kebijakan pemerintah yang berkaitan dengan undang-undang yang ada. DPR juga berhak untuk menyetujui atau menolak rancangan undang-undang yang diajukan oleh pemerintah.
3. Lembaga Yudikatif
Lembaga yudikatif berperan penting dalam memastikan penerapan dan penegakan undang-undang yang berlaku. Lembaga yudikatif meliputi Mahkamah Agung dan Mahkamah Konstitusi. Mahkamah Agung memegang peranan dalam yurisdiksi umum, yaitu mengadili perkara pidana dan perdata. Sementara Mahkamah Konstitusi memiliki wewenang untuk menguji undang-undang terhadap UUD 1945, memutuskan sengketa kewenangan lembaga negara yang kewenangannya diberikan oleh UUD 1945, dan memutus pemilihan presiden dan wakil presiden.
Rinciannya, Mahkamah Konstitusi berfungsi untuk mempertahankan konstitusi dan berhak mengadili pada tingkat pertama dan terakhir yang putusannya merupakan keputusan final untuk menguji UU terhadap UUD 1945, memutuskan sengketa kewenangan lembaga negara yang kewenangannya diberikan oleh UUD 1945, dan memutus pemilihan presiden dan wakil presiden.
Ketiga lembaga ini saling bekerja sama dan menyimbolkan konsep checks and balances di mana masing-masing dapat mengawasi dan menyeimbangkan kekuasaan satu sama lain agar tidak terjadi penyalahgunaan kekuasaan. Ketiga badan ini menjadi pondasi penting dalam menjaga kestabilan dan keadilan dalam berbagai regulasi negara sesuai dengan UUD 1945.